En 1998, elle participe au Comité Franco-Suisse pour une Autre Politique des Transports et demande à la Région Rhône-Alpes la création de trains directs Annecy-Genève. Elle les obtient en 2002 et 2003. L'offre est alors de 2,5 allers-retours par jour, réalisée en automotrices Z2.

En 2007, la Région décide de les supprimer en mettant usagers et associations devant le fait accompli.

Sous prétexte de la mise en place du cadencement, elle affecte le matériel ferroviaire à d'autres secteurs de manière arbitraire.

L'ARDSL mène alors un combat avec conférences de presse, réunions publiques et articles de presses.

Elle obtient le maintien d'un train Annecy-Annemasse le matin qui sera réalisé dans l'urgence par une rame corail non réversible venue d'Alsace.